diploid-recentering-biodiscovery

 

ΔΙΑΒΑΣΤΕ ΤΟ ΦΥΛΛΑΔΙΟ ΜΑΣ

ΜΟΡΙΑΚΟΣ ΚΑΡΥΟΤΥΠΟΣ:

aCGH-SNP arrays Υψηλής Ανάλυσης vs BAC arrays. Affymetrix Cytoscan HD (πλήρης κάλυψη όλων των γνωστών συνδρόμων, 12.000 ΟΜΙΜ γονίδια) vs Bluegnome Cytochip Focus (120 σύνδρομα, 139 ΟΜΙΜ γονίδια).

 

O Μοριακός Καρυότυπος και το Whole Exome Sequencing έχουν δυνατότητα
διάγνωσης αθροιστικά μέχρι και 50%, ενώ ο Μοριακός
Καρυότυπος μόνος του μόλις 5%.

Η πλατφόρμα Cytoscan HD της Affymetrix αποτελεί σήμερα ένα από τα πληρέστερα εργαλεία για την διεξαγωγή μοριακού καρυότυπου. Περιλαμβάνει 2.67 εκατομμύρια δείκτες για την ανίχνευση των CNVs (Copy Number analysis), περίπου 750.000 ιχνηθέτες που στοχεύουν σε μονονουκλεοτιδικούς πολυμορφισμούς SNPs και 1.9 εκατομμύρια μη πολυμορφικούς ιχνηθέτες για την πλήρη κάλυψη του γονιδιώματος (whole-genome coverage). Αποτελεί την πλατφόρμα επιλογής των μεγαλύτερων διαγνωστικών κέντρων διεθνώς όπως: Mayo Clinic (το προσφέρει από τον Αύγουστο του 2015), Baylor Institute, LabCorp, Arup Lab, Emory Genetics, Michigan College of Human Genetics κ.λ.π.

Ακολουθώντας τις οδηγίες του American College of Obstetrics and Gynecology, στην Neoscreen εφαρμόζουμε ως πρώτη επιλογή, σε όλες τις περιπτώσεις που απαιτείται επεμβατικός προγεννητικός έλεγχος (λήψη τροφοβλάστης ή αμνιοπαρακέντηση) όπως α ) μη φυσιολογικού υπερήχου 1ου ή 2ου τριμήνου β ) προϊόντων αποβολής, γ ) εγκυμοσύνης υψηλού κινδύνου λόγω προχωρημένης ηλικίας (>35 ετών), δ ) επιβεβαίωσης παθολογικών ευρημάτων NIPT, καθώς και στις περιπτώσεις παιδιατρικών νευροαναπτυξιακών ή άλλων σπάνιων νοσημάτων, τα SNP-arrays Υψηλής Ανάλυσης της Affymetrix (Cytoscan HD) αντί των BACarrays (Bluegnome CytoSchip), για τους παρακάτω λόγους (συγκριτικός Πίνακας):

To 10% των παθολογικών συνδρόμων που έχουν καταχωρηθεί στην διεθνή βάση δεδομένων Decipher, οφείλονται σε CNVs μεγέθους μικρότερου των 500Kb και ως εκ τούτου δεν ανιχνεύονται με τα BAC arrays των οποίων η διακριτική ικανότητα ανέρχεται σε 1Μb (1000Kb), παρά μόνο με SNP-arrays υψηλής ανάλυσης (διακριτική ικανότητα < 10Kb).

Τα SNP-arrays, σε αντίθεση με τα BAC-arrays, μπορούν επιπλέον να ανιχνεύσουνα) μητρική επιμόλυνση β) μωσαϊκισμό, ακόμα και σε μικρά ποσοστά, περίπου 20%, γ) τριπλοϊδία δ) “molar pregnancies” (φαινόμενο μωσαϊκισμού σε επίπεδο ομοζυγωτίας σε όλα τα χρωμοσώματα, δηλ. εκτεταμένη μονογονεϊκή δισωμία) ή “partial molar pregnancies” που οδηγούν σε τριπλοειδία, ε ) απώλεια ετεροζυγωτίας ( ΑΟΗ) γνωστό και ως (LOH) στ) μονογονεϊκη δισωμία (Uniparental Disomy UPD), γνωστό και ως copy-neutral LOH (cn-LOH). UPDs κλινικού ενδιαφέροντος έχουν εντοπιστεί στα χρωμοσώματα 6, 7, 11, 14, 15 και 20.

Στα SNP-arrays, o προσδιορισμός του BAF (B-allelic frequency), αποτελεί ένα τρόπο επιβεβαίωσης των αποτελεσμάτων από την ανάλυση των CNVs, καθιστώντας μη απαραίτητη την απαίτηση για επιπλέον επιβεβαιωτική μέθοδο, γεγονός που δεν ισχύει στα BAC arrays, εφόσον δεν διαθέτουν ιχνηθέτες για SNPs. Εξαιτίας της ικανότητας των SNP-arrays να ανιχνεύουν μητρική επιμόλυνση και τριπλοϊδία, μπορούν να χρησιμοποιηθούν ως «αυτόνομη» μέθοδος, σε αντίθεση με τα non-SNP arrays (όπως είναι τα BAC arrays) στα οποία απαιτείται επιπλέον μέθοδος προσδιορισμού της μητρικής επιμόλυνσης ή τριπλοϊδίας.

Η υψηλή ευαισθησία των SNP-arrays δίνει την δυνατότητα να ανιχνευτούν CNVs ακόμη και σε μέγεθος ενός εξονίου. Σε πρόσφατη μελέτη της GeneDx, σε ανάλυση 14.000 δειγμάτων, το 2.4% αυτών παρουσίασε CNVs σε επίπεδο εξονίου γονιδίων. Το 40% αυτών των περιπτώσεων αναφέρονταν σε CNVs μεγέθους ενός ή δύο εξονίων. H ανίχνευση CNVs σε επίπεδο μεμονωμένων γονιδίων ή τμημάτων αυτών (≥1 εξόνια) καθίσταται εφικτή αποκλειστικά και μόνο με τη χρήση των SNP-arrays υψηλής ανάλυσης όπως είναι το Cytoscan HD της Affymetrix.